Das CC wurde 1956 in München gegründet. Heute ist es eine Forschungsstelle für die böhmischen Länder, mit Sitz in München. Der Name bezieht sich auf das Hauptgebäude der 1348 gegründeten Prager Karlsuniversität, deren deutscher Teil, die Karl-Ferdinands-Universität, 1945 von den tschechischen Behörden geschlossen wurde.