Karl Jaspers wurde am 23. Februar 1883 als Sohn des wohlhabenden Bankdirektors Carl Jaspers und seiner Frau in Oldenburg geboren. Auf väterlichen Wunsch studierte er Rechtswissenschaften. In diesen Jahren wurde bei ihm eine unheilbares Lungen- und Herzleiden festgestellt, wodurch er sein Leben lang größtenteils liegend verbringen musste. Das musste einer der Gründe sein, warum er Medizin in Berlin, Göttingen und Heidelberg studierte und 1908 sein Studium mit dem Staatsexamen beendete. 1909 lernte er den Soziologen Weber kennen, der ihn stark beeinflusste, ein Jahr später heiratete er Gertrud Mayer.
1909 promovierte er zum Dr. med. Seine Promotionsarbeit verfasste Jaspers über das Thema "Heimweh und Verbrechen". Im gleichen Jahr machte er die Bekanntschaft des renommierten Soziologen Max Weber, der ihn in seinem Denken stark beeinflusste. Im Jahr 1910 heiratete Jaspers die Nervenpflegerin Gertrud Mayer.
Fünf Jahre nach der Promotion habilitierte sich Jaspers. Der Titel seiner Habilitationsarbeit lautete "Allgemeine Psychopathologie" und bot einen methodischen Überblick über dieses Fachgebiet. Bis 1915 war er Mitarbeiter in der psychiatrischen Klinik Heidelberg. 1916 begann er mit seiner Lehrtätigkeit als Professor für Psychologie an der Heidelberger Universität, wo er die psychologische Analyse philosophischer Weltbilder und Wertungen vorantreibt. Jaspers widmete sich der psychologischen Analyse und Deutung von philosophischen Anschauungen. 1919 erschien seine zweite große Arbeit mit dem Titel "Psychologie der Weltanschauungen". In demselben Jahr begann seine langjährige Freundschaft mit Heidegger.
1920 wechselte er als Extraordinarius auf den Lehrstuhl für Philosophie und wurde 1921 Ordinarius. Zu seinen Schülern zählte unter anderem die Philosophin Hannah Arendt. Im Jahr 1931 erschien seine Schrift "Die geistige Situation unserer Zeit", in der er erklärte, dass Wissenschaftlichkeit nicht der Ursprung von Wahrheit sei. Im Jahr darauf wurde sein dreibändiges Hauptwerk "Philosophie" veröffentlicht. Darin befasste sich Jaspers mit den grundsätzlichen Anliegen der Existenzphilosophie; es sei, seiner Überzeugung nach, unmöglich, die Existenzerfahrung zu objektivieren, dennoch müsse die Existenzherstellung als philosophische Aufgabe betrachtet werden.
Nach der faschistischen Machtübernahme erhielt er Lehrverbot, weil seine Ehefrau Jüdin war. Er wurde von der Universitätsverwaltung ausgeschlossen und 1937 von seinen Aufgaben entbunden. Das Ehepaar Jaspers blieb trotz in Deutschland, obwohl es gefährlich war. Im Jahr 1943 wurde er vom NS-Regime mit einem Schreibverbot belegt.
Ab 1945 beteiligte sich Jaspers als Professor am Wiederaufbau der Heidelberger Universität. Er gründete die Zeitschrift "Die Wandlung", die eine geistige und moralisch Neuerung zum Ziel setzte. Im Jahr 1947 erschien der erste Band von Jaspers Werk "Von der Wahrheit" über die philosophische Logik. Aus Enttäuschung über die politische Entwicklung seiner Heimat und weil seine Frau nicht mehr in Deutschland bleiben wollte, verließ Jaspers Deutschland und wirkte ab 1948 bis 1961 als Professor für Philosophie in Basel, wo er bis zu seiner Emeritierung 1962 lehrte. 1958 erhielt Jaspers den Friedenspreis des Deutschen Buchhandels und 1959 den Erasmuspreis. 1960 schrieb Jaspers: "Philosophieren ist das, was in jedem Menschen geschieht. Der Philosoph von Beruf kann das nur zu größerer Klarheit bringen". Er entstammte keiner philosophischen Schule. Als Zeitgenosse von Max Weber und Martin Heidegger begründete er eine eigene Lehre, die Existenzphilosophie, und lehnte alle Ideologien ab.
1967 erhielt er in Basel das Schweizer Bürgerrecht. Karl Jaspers sah es als eine Pflicht und Verantwortung an, sich zu politischen Fragen zu äußern. Er begründete die Einmischung mit der Verquickung von Philosophie und Politik vor dem Hintergrund der menschlichen Freiheit. Zeit seines Lebens gab Jaspers seine Meinung zu politischen Angelegenheiten ab, besonders in diejenigen von Deutschland. Aber auch zu Fragen des deutschen Wissenschaftsbetriebes äußerte er sich öffentlich. Jaspers Einmischungen gaben immer wieder Anlass zur Kritik. Davon unberührt gilt er - neben Martin Heidegger - als der Begründer der deutschen Existenzphilosophie. 1957 wurde Jaspers erster Band zur Weltgeschichte der Philosophie unter dem Titel "Die großen Philosophen" veröffentlicht. Darin teilte er die Philosophiegeschichte in drei Hauptbereiche ein und verneinte sie als einen progressiven Prozess. 1964 nahm Jaspers den Orden "Pour le mérite" der Friedensklasse entgegen.
Am 26. Februar 1969 starb Karl Jaspers in Basel. Nach seinem Tod geriet Jaspers in Vergessenheit. Doch seit den 80er Jahren wurde er international zunehmend gewürdigt. Arendt würdigte Jaspers als den in jeder Hinsicht würdigsten Nachfolger, den Kant je gehabt habe. Ein anderer Schüler, der Basler Philosoph Saner ordnete Jaspers Nachlaß, der über 30 Bücher, etwa 35.000 Blätter mit einigen tausend Briefen umfaßt, und gab ihn heraus.